عناوين اصلي كتاب شامل:
« دعاى مطالعه »؛ مقدمه ناشر؛ مقدمه مؤلف‌؛ فصل اوّل ماجراى عالم ذرّ)؛ فصل دوم (عالم ذرّ از نگاه قرآن؛ فصل سوم ويژگى‌هاى عالم ذرّ)؛ فصل چهارم پاسخ به سؤال‌ها و اشكال‌ها)؛ فصل پنجم بازگشت از انتخاب‌هاى عالم ذرّ)؛ فصل ششم فلسفه و فوايد عالم ذرّ)؛ فصل هفتم اسناد روايات عالم ذرّ)؛ منابع‌؛  پي نوشتها